一、二、三、四代测序技术原理

DNA双螺旋模型以及“生命是序列的”观点的发表,直接推动了测序技术的发展,因为解读生命遗传信息的前提就是得到它的载体——序列。
20世纪70年代到现在有很多测序技术和平台的产生,其中包括SBC法、454、Ion Torrent、SBL法、Sanger法IlluminaPacbioNanopore等。今天主要跟大家分享后四种常用的测序技术。

第一代测序技术
Sanger法是基于DNA合成反应的测序技术,又称为SBS法、末端终止法。1975年由Sanger提出,并于1977发表第一个完整的生物体基因组序列。
核心原理:由于双脱氧核苷酸(ddNTP)3’位置脱氧,其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键,因此可以用来中断DNA合成反应,在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的ddNTP(分为:ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP),通过凝胶电泳和放射自显影,根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列。

第二代测序技术
Illumina平台为代表的第二代测序技术实现了高通量测序,有了革命性进展,使得大规模并行测序成为现实,极大推动了生命科学领域基因组学的发展。Illumina循环SBS法(cycle SBS)即SBRT(Sequencing By Reversible Termination,可逆终止)的核心技术是DNA合成的可逆性末端循环,即3'-OH可逆性的修饰和去修饰。
基本原理:dNTP的3'-OH以叠氮集团RTG(Reversible Terminating Group,可逆末端基团)进行修饰;将4种碱基分别与不同的荧光分子连接;DNA合成时,RTG能起到类似于ddNTP的作用终止反应;每次合成反应终止并读取信号之后,洗脱RTG和荧光分子,进行下一轮循环。

第三代测序技术
Pacbio平台为代表的SMRT(Single-Molecule Real Time Sequencing,单分子实时测序)测序技术具有高通量、长读长的特点。
基本原理:Pacbio仍然采用边合成边测序的原理,但实现了两个重要的技术突破。一个是将荧光分子标记在磷酸上,这样在反应停止且捕获荧光信号以后,可直接随磷酸基团脱落,解决了因噪音污染导致的读长很短的问题;二是由于不需要PCR扩增,信号的有效提取成为了关键。通过引入零模波导孔ZMW)技术解决这一问题。在纳米室底部有一个孔径70nm的小孔,由于远远小于激光的波长,所以激光从底部照射时,只会照亮一个小的区域,提高了信噪比。

第四代测序技术
纳米孔测序技术是单分子实时测序的新一代技术,主要是通过ssDNA或RNA模板分子通过纳米孔而带来的“电信号”变化推测碱基组成进行实时测序。
基本原理:当纳米孔充满导电液时,两端加上一定电压,分子模板通过纳米孔生成可测量电流。纳米孔的直径只能容纳一个核苷酸,单链模板就会在电场作用下依次通过纳米孔而引起电流强度变化,通过检测相应的电流峰判断碱基,实现实时测序。
 

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