做科研时纠结测序方法，临床急着出病原结果，你是不是也常困惑：单端测序（SE）和双端测序（PE）到底该怎么选？其实这俩 “测序兄弟” 没有绝对好坏，关键看你的需求。
一、先搞懂：单端与双端，核心差在哪？
简单说，两者的本质区别的是读取 DNA 片段的方式：
单端测序（Single-End, SE）：只从 DNA 片段的一端读取序列。比如常说的 “SE50”，就是单条 50bp 的读长；
双端测序（Paired-End, PE）：从同一 DNA 片段的两端各读一次。比如 “2×150bp”，意思是片段正向、反向各测 150bp，最终能拿到两条互补的序列。
二、关键概念：“读长” 是什么？影响啥？
很多人会问 “读长重要吗？”—— 当然重要！它指的是每条已测序 DNA 片段的长度（SE/PE 都有对应读长），直接影响测序效果：
长读长（比如 PE 的 2×150bp）：优势是能跨越 DNA 中的重复区域，避免测序结果 “断片”，适合需要完整序列的场景；
短读长（比如 SE 的 50bp）：不用覆盖完整基因组，仅针对 “计数类” 需求（如统计基因表达量），性价比更高。
三、想 “快出结果”？这些测序仪值得看
如果追求短时间出数据（比如临床急救、突发病原检测），这几款仪器的 “速度表现” 很亮眼（数据均基于 SE 模式）：
华大智造 DNBSEQ-E25 Flash：最快 2 小时（SE50）
思昆生物 Rapid GS480：最快 2.5 小时（SE50）
赛陆医疗 Saluseq Nimbo：最快 3.4 小时（SE50）
Illumina MiSeq i100：最快 4 小时（SE100）
四、核心指南：什么场景选哪种？不纠结！
不用死记硬背，对照场景选就行 ——
✅ 选单端测序（SE），优先这 3 类需求
RNA-Seq 转录本定量：只需要统计基因表达量，不用分析序列结构，SE 足够满足；
快速病原检测：比如国内某疾控用 “猴痘全基因组靶向建库 + E25 闪速测序”，仅 9 小时就完成病例分型，还拿到了完整病毒基因组（其中测序时间仅 3.3 小时，用的是 SE100+10 读长）；
预算有限项目：SE 成本比 PE 低 30%-50%（保守估计），能在控制成本的同时完成基础检测。
✅ 选双端测序（PE），重点看这 3 类需求
基因组 De Novo 组装：比如组装人全基因组，PE 能跨越重复区域，避免组装出的基因组 “碎片化”，拼得更完整；
结构变异检测：需要精准捕捉染色体倒位、易位等变化，SE 的单端信息不足以支撑，PE 的双端数据更准确；
转录组 / 宏基因组分析：面对复杂微生物群落（如肠道菌群），PE 的高精度定位能更准确解析物种组成和功能。
快与准，不做单选题
“天下武功，唯快不破”，但基因测序里，“快”（单端）和 “准”（双端）从来不是二选一 —— 临床急救要抢时间，选单端；科研深水区要高精度，用双端。而未来的长读长技术，还会带来更多可能性！
一、先搞懂：单端与双端，核心差在哪？
简单说，两者的本质区别的是读取 DNA 片段的方式：
单端测序（Single-End, SE）：只从 DNA 片段的一端读取序列。比如常说的 “SE50”，就是单条 50bp 的读长；
双端测序（Paired-End, PE）：从同一 DNA 片段的两端各读一次。比如 “2×150bp”，意思是片段正向、反向各测 150bp，最终能拿到两条互补的序列。
二、关键概念：“读长” 是什么？影响啥？
很多人会问 “读长重要吗？”—— 当然重要！它指的是每条已测序 DNA 片段的长度（SE/PE 都有对应读长），直接影响测序效果：
长读长（比如 PE 的 2×150bp）：优势是能跨越 DNA 中的重复区域，避免测序结果 “断片”，适合需要完整序列的场景；
短读长（比如 SE 的 50bp）：不用覆盖完整基因组，仅针对 “计数类” 需求（如统计基因表达量），性价比更高。
三、想 “快出结果”？这些测序仪值得看
如果追求短时间出数据（比如临床急救、突发病原检测），这几款仪器的 “速度表现” 很亮眼（数据均基于 SE 模式）：
华大智造 DNBSEQ-E25 Flash：最快 2 小时（SE50）
思昆生物 Rapid GS480：最快 2.5 小时（SE50）
赛陆医疗 Saluseq Nimbo：最快 3.4 小时（SE50）
Illumina MiSeq i100：最快 4 小时（SE100）
四、核心指南：什么场景选哪种？不纠结！
不用死记硬背，对照场景选就行 ——
✅ 选单端测序（SE），优先这 3 类需求
RNA-Seq 转录本定量：只需要统计基因表达量，不用分析序列结构，SE 足够满足；
快速病原检测：比如国内某疾控用 “猴痘全基因组靶向建库 + E25 闪速测序”，仅 9 小时就完成病例分型，还拿到了完整病毒基因组（其中测序时间仅 3.3 小时，用的是 SE100+10 读长）；
预算有限项目：SE 成本比 PE 低 30%-50%（保守估计），能在控制成本的同时完成基础检测。
✅ 选双端测序（PE），重点看这 3 类需求
基因组 De Novo 组装：比如组装人全基因组，PE 能跨越重复区域，避免组装出的基因组 “碎片化”，拼得更完整；
结构变异检测：需要精准捕捉染色体倒位、易位等变化，SE 的单端信息不足以支撑，PE 的双端数据更准确；
转录组 / 宏基因组分析：面对复杂微生物群落（如肠道菌群），PE 的高精度定位能更准确解析物种组成和功能。
快与准，不做单选题
“天下武功，唯快不破”，但基因测序里，“快”（单端）和 “准”（双端）从来不是二选一 —— 临床急救要抢时间，选单端；科研深水区要高精度，用双端。而未来的长读长技术，还会带来更多可能性！
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